EHK StruktuurEHL on asutatud vabatahtlikult ühinenud haridustöötajate regionaalsetel alustel moodustatud ametiühingu organisatsioonidest ja ühendustest (liikmesliitudest), mis on omakorda moodustatud piirkondlikel alustel koondunud asutuste ametiühingutest (ehk EHL osakondadest). Igas osakonnas on aü usaldusisik.

Vastavalt liikmesliidu põhikirjadele moodustub liikmesliidu juhtimis- ja esindusorgan ehk volikogu üldjuhul piirkonna osakondade usaldusisikutest. Volikogu pädevusse kuulub muuhulgas juhatuse esimehe, esimehe asetäitja ja liikmete valimine.

Liikmesliidu juhatus esindab liikmesliitu ning juhib selle tegevust volikogude vahelisel perioodil. EHL-i volikogu ja juhatus koosneb üldjoontes liikmesliitude juhatuste esimeestest. Perioodil 2013-2016 on EHL juhatuse esimees Tartu Jaan Poska Gümnaasiumi usaldusisik Reemo Voltri (Tartu Maakonna HAÜ).